Debianでtimezoneを設定するには
# dpkg-reconfigure tzdata
とします。こうすることで/etc/localtime が変更されます。
Sarge以降では、/etc/localtimeは/usr/share/zoneinfo/の下のファイルのシンボリックリンクになっています。 ぼくのマシンでは
# ls -l /etc/localtime lrwxrwxrwx 1 root root 30 Jul 15 12:38 /etc/localtime -> /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo
となっています。
Lennyより前はtzconfigというコマンドがありましたが、今ではこのコマンドが廃止されています。
参考ページ: TimeZoneChanges (wiki.debian.org)