flacは “Free Lossless Audio Codec”、すなわちフリーなロスレスなオーディオファイル形式です。
以下はshellを使う前提です。LinuxなどのUnix likeなシステムか、Cygwinなどの環境下での作業を想定しています。
あるディレクトリにあるflacファイルをwavに戻したいときは
for i in *.flac; do flac -d $i ; done
とすればよいです。
ちなみに、上記で変換して出来たwav ファイルを mp3にしたいときは
for i in *.wav; do lame --preset extreme $i ; done
のようにします。lame の引数はお好みでどうぞ。