複数の vob ファイルから mp4 ファイルを作る場合は concatを使います。以下はipadで見られるようにした場合の例です:
ffmpeg -i "concat:foo02-001.vob|foo02-002.vob|foo02-003.vob|foo02-004.vob|foo02-005.vob|foo02-006.vob" -vcodec libx264 -vprofile high -preset slow -b:v 1000k -vf scale=-1:720 -threads 0 -acodec libvo_aacenc -b:a 196k foo02.mp4