メニューをクリックした状態でのスクリーンショットを撮りたい時はGimpだと出来ないみたいです。 (Windows上は、Irfanviewを使うと出来るのですがね…。)
コマンドラインでディレイを指定すると、メニューをクリックした状態のスクリーンショットが撮れます。
例えば5秒後のスクリーンショットが欲しい時は、コマンドラインで
scrot -d 5
とすれば良いです。現時点の全体が日付入りの.pngファイルで保存されます。 あとはGimpなどを使って、必要な部分だけを切り出して使えば良いですね。
Taking a screenshot (Archlinux) を見ると他にもたくさんツールがありますね。Unix万歳!