調べてみると、.xsession-errorsに
ERROR: Your Java is not a complete implementation, ======================================= FREEMIND WILL MOST PROBABLY *NOT* WORK, ======================================= define JAVACMD, JAVA_BINDIR, JAVA_HOME or PATH in order to point to such a VM. See the manpage of freemind(1) for details. Error: could not find libjava.so Error: could not find Java 2 Runtime Environment.とあります。
FreeMindのインストール – 発声練習:を参考にJAVA_HOMEを設定することにしました。
実際には、~/.fluxbox/menu に
[exec] (freemind) {JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/ /usr/bin/freemind}としました。