私はXperia Vを使っています。本体のストレージが大きくないため、SDカードを入れています。写真を撮っては「設定」→「ストレージ」→「SDカードへ転送」で安心していましたが、プリインストールされているFile CommanderでSDカードの中身を確認しようとしても見つからない時があります。
私の場合、別のファイルマネージャー(わたしはこのファイルマネジャーを使っています)のアプリをインストールして使うか、あるいはPCにつないで、Sony PC Companionのファイルマネージャーを使うか、のいずれかで見ることが出来ました。
写真ファイルは、/storage/sdcard1/DCIM/100ANDRO 以下にコピーされていました。File Commanderではフォルダがはあっても何故かファイルが1つしか見えないのです。理由はよくわかりませんが、フューチャーフォン(いわゆるガラケー)からSDカードをフォーマットせずにそのまま移してきたのが悪いのかも知れません。
PC Companionを使っていて思ったのは、データはPC Companionで定期的に端末全体のバックアップをするのが良さそうということです。
iPadでは動画やmimiCopy用のファイルの転送などで定期的にiTunesにつなぐので、その際に自動的にバックアップをしています。Androidは単体で完結した使用が多いため、バックアップを忘れがちですが、バックアップ習慣をつけることは必要ですね。
