大きな文書をLaTeXで編集する際は、ソースを分割すると便利な場合があります。
LaTeXを使う時、私はEmacsでYaTeX modeを使って編集していますが、分割したソースについても通常のtypesetは問題ありません。
最近、ちょっとした問題に遭遇したのは、reftexを使って相互参照を処理しようとした時に、ソース分割すると別ファイルのlabelを参照できないことでした。
問題はreftex mode(minor-mode)に分割ソースをまとめているmaster ファイルを指定する必要があることです。それは次のようなLocal Variablesを分割ソースの末尾に挿入することでできるようです:
%%% Local Variables: %%% mode: yatex %%% tex-main-file: "some_master.tex" %%% End:
上記のtex-main-fileはもともとはEmacsの標準のTeX/LaTeX modeの変数なのですが、reftexはこの変数を参照するようです。