X-Window はいわゆるコピー(カット)・ペーストするときのバッファを2種類持っています。それは、PRIMARYとCLIPBOARDです。
どのバッファを使うかはアプリケーション毎に違っているのが問題です。X-Window, Emacs, アプリケーション毎の違いについては X Window System のコピー&ペースト環境を統一する (GARIN.JP)が詳しいです。
daemonを動かすほどではない場合、PRIMARYとCLIPBOARDに格納されている内容を同じにするのは、PRIMARY→CLIPBOARDの時は
xclip -o -selection PRIMARY | xclip -i -selection CLIPBOARD
CLIPBOARD→PRIMARYの時は
xclip -o -selection CLIPBOARD | xclip -i -selection PRIMARY
で出来ます。
